Équipements financés en 2023

Référent : Joël Léonard

Cet équipement, financé dans le cadre du WP1 du CPER BiHauts Eco de France 2023, consiste en une tour à flux associée à un ensemble de capteurs positionnés dans le sol et dans l’atmosphère et qui permet de mesurer en continu les échanges gazeux entre le système sol-plante et l’atmosphère. L’enjeux de cet investissement est double : i) disposer d’un équipement compatible avec un traitement automatisé et centralisé en Italie géré par l’infrastructure de recherche européenne ICOS et avec le niveau 2 ICOS, ce qui doit permettre d’optimiser la participation aux projets et initiatives collectives à l’échelle nationale et internationale qui s’appuient sur les données du réseau ICOS acquise avec un traitement standardisé ; ii) faciliter l’accueil futur d’équipements complémentaires (de façon permanente mais aussi complémentaire dans le cadre de projets collaboratifs) pour suivre les émissions de GES autres que CO₂ (CH₄, N₂O) ainsi que les émissions de NH₃ qui manquent pour boucler le bilan d’azote. L’investissement 2023 est centré sur la mise en place de l’infrastructure de base, il se poursuivra au cours du CPER. L’échelonnement au cours du temps de l’investissement permettra d’une part de bénéficier des avancées méthodologiques encore en cours pour certaines des mesures envisagées, et d’autre part d’être mieux en phase avec les recrutements permanents associés à cette infrastructure (un poste d’AI mesures physiques – instrumentation ouvert au concours 2023, une demande de poste de chercheur sur flux de gaz à effet de serre remontée cette année) et les besoins associés. La nature des équipements est imposée par les exigences scientifiques du réseau ICOS, ces exigences ayant également conduit les fabricants à adapter au mieux leurs équipements aux besoins de la communauté scientifique. Il s’agit d’un ensemble d’équipement standard provenant de différents fabricants identifiés. L’exigence de continuité des données implique par ailleurs de disposer de matériel de rechange pour pouvoir gérer les étalonnages et les pannes.

L'équipement est en cours d'installation sur le site INRAE d’Estrées-Mons, station ICOS FR-EM2

Référent : Matthieu Duban

Ce système performant de séquençage d’acide nucléique permettant en premier lieu un flux de travail robuste de séquençage des ARN microbiens ou végétaux (RNAseq) a été acquis dans le cadre du WP2 du CPER BiHauts Eco de France, et financé sur la programmation 2023. Ce séquenceur a été réceptionné et installé au sein de l'UMRT BioEcoAgro à Polytech Lille en mars 2024. Cette technologie permettra de réaliser des analyses spécifiques de l'expression des gènes ou des analyses complètes du transcriptome. Les applications dans les thématiques des équipes 4 et 5 sont nombreuses : (i) caractérisation du transcriptome microbien pour orienter le métabolisme microbien vers la production sélective de métabolites bioactifs pouvant être utilisés dans le domaine du biocontrôle, (ii) vérification de l’expression génétique en lien avec les prédictions bioinformatiques et la définition de stratégies de biologie de synthèse, (iii) identification de cible génique limitant la production d’intermédiaire métabolites, (iv) analyse du transcriptome végétal pour caractériser la résistance innée (variétale) et celle induite par les composés de biocontrôle de type éliciteur et (v) analyse du transcriptome fongique pour caractériser le mode d’action des composés de biocontrôle de type bio-fongicide. Cet appareil par sa polyvalence permettra également de réaliser du séquençage de génome microbien et ainsi soutenir cette activité au sein des équipes qui représente près de 10 génomes/mois séquencés par prestation de service à l’extérieur.

Référent : David Mathiron

Ce système hybride GC-HRMS-IRMS a été acquis et financé dans le cadre du WP5, de la programmation 2023 du CPER BiHauts Eco de France, a destination de l’unité EDYSAN UMR CNRS 7058 (UPJV) où il a été installé entre avril et juillet 2024.  Le couplage GC-HRMS-IRMS permettra de mesurer les ratios isotopiques des éléments C (¹²C/¹³C) et N (¹⁴N/¹⁵N) de chacune des molécules organiques, constitutives de mélanges complexes, préalablement séparées par chromatographie gazeuse (GC). L’analyse des ratios isotopiques de ces molécules, en abondance naturelle ou suite à un enrichissement isotopique contrôlé, permet de retracer les voies métaboliques impliquées dans des processus très divers relevant de champs disciplinaires variés et à différentes échelles. Pour exemple, on peut citer l’étude du métabolisme au niveau cellulaire, de la dynamique des métabolites et de l’allocation des réserves C/N au sein d’un organisme, des interactions moléculaires interspécifiques dont les interactions micro-organismes/plantes, du fonctionnement de chaînes et réseaux trophiques, de la transformation biomoléculaire de polluants ou encore plus généralement de l’étude de cycles biogéochimiques. Un des objectifs ultimes, dans le cadre des thématiques de recherche de l’UMR CNRS 7058 EDYSAN, est d’améliorer les itinéraires agro-écologiques en vue de réduire de manière drastique la quantité d’intrants (pesticides, engrais). Pour les autres applications (UMR transfrontalière INRAE 1158 BioEcoAgro Biologie des Plantes et Innovation / Plateforme Analytique, UPJV, Amiens), l’utilisation de cet équipement pour l’acquisition de données combinées (HRMS-IRMS) permettra de faciliter et d’accélérer la découverte de métabolites primaires et secondaires de plantes (lin, pomme de terre,…), en particulier en ayant accès à la composition élémentaire des composés détectés (HRMS) d’une part et d’autre part d’assurer la compréhension de leurs voies de biosynthèse par le traçage des isotopes stables (IRMS). Ce "workflow" analytique robuste et innovant constitue un outil clé dans le domaine des sciences environnementales.

Référent : Albert Nguyen Van Nhien

Le plateau de caractérisation incluant un goniomètre et un analyseur de mousse a été acquis dans le cadre du WP4 du CPER BiHautsEco de France 2023 - Plateau de caractérisation des molécules biosourcées amphiphiles. Ces deux instruments ont été installés le 11/01/2024 et le 05/02/2024 dans l’unité Laboratoire de Glycochimie et des Agroressources d’Amiens (LG2A) UR7378. Ces équipements permettent respectivement de mesurer les angles de contact, les tensions de surface et la moussabilité de molécules organiques, des caractéristiques physico-chimiques particulièrement intéressantes pour les molécules développées au sein de l’unité et à d’autres membres du consortium CPER (surfactants, matériaux à base de polysaccharides, etc). Actuellement, ces équipements sont utilisés dans le cadre de projets aussi bien adossés au CPER, qu’à des sujets de thèses de l’unité notamment sur l’étude des surfaces hydrophiles/hydrophobes de nouveaux matériaux organiques.